С точки зрения сбора трафика, второй вариант предпочтительнее. Больше категорий, больше ключей, больше вариантов занять хорошие позиции. Но первый вариант более тривиальный, так как требует меньше усилий.
Если вопрос именно ВЫВОДА категорий в сайдбаре шаблона, то я рекомендовал бы динамическое меню, где поджанры прячутся под кат (спойлер), если их количество сложно сходу охватить глазом. Если в сумме поджанров по всем категориям не более 30-40, то можно и статикой вывести. Это позволит равномерно распределить внутренний вес + не будет вопроса с уровнем вложенности категорий, так как размещение поджанров в родительской категории - это +1 УВ.