потому что разные поисковики шифруют коды и передачи реферала, тем самым не всегда даже ли видеть может запросы. Метрика сделана тупо под свою систему (яндекса), аналитика гугла под свою (гугла), а ли просто собирает общие данные за частую даже иногда не видя 40% ключей. Например многие могли замечать, что на молодых сайтах в ли пишет, есть переход с яндекс (или гугл) но нет никакого перехода в ключевых словах. Просто ставьте несколько аналитик и никогда не доверяйте только одной, если хотите качественно анализировать свой проект