Скриптом создаётся индексный файл, в который прописываются ссылки на файлы, содержащие непосредственно ссылки с сайта, которые в свою очередь могут содержать максимум 50000 ссылок каждый.
И потом этот индексный файл нужно указать, в вебмастере гугла и яндекса, как файл сайтмап. А все вложенные подхватятся автоматически.
Вот, как примерно может выглядеть индексный файл:
Замазаны ссылки на вложенные файлы